В 2013 году на одном из объектов «Юганскнефтегаза» произошел разлив нефти, в результате произошло загрязнение земельных участков на площади 40 гектаров. Росприроднадзор оштрафовал нарушителей на 340 миллионов рублей, кроме того проверяющие органы требовали убрать последствия аварии.
